Reimsbe pappá szentelték, de a teológiában nem bátortalanodott el, nyugodt bohém életet folytatott, irodalmat tanult, Horatius és Trentius fordítását. Később szülei kérésére hazament, belépett az irodába és megnősült. Azonban hamarosan elhagyta irodáját és feleségét. Párizsba ment, ahol ismét nyugodt életmódot folytatott. Fouquet védnökének bukása után szegénységbe került és kénytelen volt hazatérni. Otthon találkozott Bouillon hercegnővel -leánykori neve Mancini- és napi vendég lett kastélyában.
Verses novellákat és novellákat írt a hercegnőnek, majd 1664-ben ismét Párizsba kísérte, ahol idősebb mecénásaival, Condé és Conti herceg, Vendôme és Burgundy, Orleans hercegnője kegyéből élt. Racine bemutatta Boileau-nak és Molière-nek, akik az irodalom munkájára ösztönözték. Az udvarba nem volt bejáratos, mert a mindenható XIV. Lajos haragudott rá és az akadémiába is csak nagy nehezen engedte őt beválasztatni 1684-ben.
Későbbi éveiben megbánta, hogy laza életmódot folytatott, irodalmi hiányosságainak pótlására néhány verset lefordított franciául. Írt elégiákat és színdarabokat is, de népszerűségét az állattörténetek (fabula) köszönhetik. Meséi 12 könyvben jelennek meg. Az első 6 könyvet az ifjú trónörökös számára írták. Ezért Phedrus híres állattörténeteit költői formában fordította francia nyelvre.
A következő hat már nem gyerekeknek szól, hanem felnőtt olvasóknak. Meséket állított össze, élesen szatirizálva korai társadalmi erkölcsét, az emberi gyarlóságokat, XIV. Lajos és a spanyol király között lévő vetélkedést. Elemzői szerint az utolsó állatmesék írásának idején La Fontaine már azzal a szándékkal alkotott, hogy az állatok javára ítéljen az emberek felett.Leghíresebb állattörténeteiben: varjak és rókák, tücskök és hangyák.
Meséit később francia grafikus, festő és szobrász, Gustave Doré festette. 1922-ben Vikár Béla minden történetét magyar nyelven tette közzé, Haranghy Jenő illusztrációival az egykori Dante Kiadó gondoskodott. 1695. április 13-án halt meg Párizsban. 1891-ben Auteuil-ben szobrot emeltek neki.
