Gödöllőn 1938-ban 194 fiatal, 1939-ben pedig 224 férfi kapott behívót, majd az ezt követő sorozások főleg a parasztságot érintették. Sőt, elvitték a lovakat is, így a paraszti birtokok jelentős része munkaerő és igásállat nélkül maradt. 1941-ben Magyarország is belépett a háborúba, júniustól már magyar csapatok harcoltak a Szovjetunió területén. Újra életbe léptek a háborús törvények, bevezették a rekvirálásokat, beszolgáltatásokat és a jegyrendszert, ami egyre nagyobb terhet rótt a lakosságra és a koronauradalomra is. Innen láttak el a Magyar Honvédséget, Budapestet és Magyarország még Németországnak is szállított élelmiszereket. Miközben egyre több embert kellett ellátni, mert sokan költöztek ki Budapestről Gödöllőre, csak 1944-ben 1800-an érkeztek településünkre a bombázások megkezdése után.
A tényleges harcok 1944 tavaszáig elkerülték Magyarországot, így Gödöllőt is. Azonban a zsidóság helyzete 1938-44 között folyamatosan romlott. A négy zsidótörvény keretében egyre jobban korlátozták a gazdasági és a közéletben betöltött szerepüket. A gödöllői képviselő-testületből is elbocsátották a 6 izraelita képviselőt. Többeket munkaszolgálatra hívtak be. Ezeket Magyarországon még túl lehetett élni, de akiket kivittek Ukrajnába, közülük már sokan nem térhettek haza.
1944. március 19-i német megszállás után tragikusra fordult az ország, településünk és így a zsidóság sorsa is. Kötelezővé tették számukra a sárga csillag viselését, májusban pedig Gödöllőn is kialakították a gettót. Ezt a Kossuth Lajos utcában hozták létre, mivel ott volt a zsidó imaház (ennek a helyén áll ma a Bölcsőde, rajta emléktáblával), az iskola és a rabbi lakása is. A községben ekkor 56 zsidó család élt, így 178 gyermeknek és felnőttnek kellett ideköltöznie. Azonban néhány hét múlva elszállították őket Hatvanba, onnan pedig Auschwitzba, a haláltáborba deportálták őket. Ebben óriási szerepe volt Endre László belügyi államtitkárnak, aki 1923-38 között gödöllői főszolgabíró volt, majd Pest vármegye alispánja lett, 1946-ban pedig háborús bűnösként kivégezték.
Többségük sajnos a holokauszt áldozata lett. A helytörténeti kutatások alapján bizonyíthatóan 25-en élték túl a háborút, de csak kevesen tértek vissza Gödöllőre. Településünk első katonahalottja, még a háború kitörése előtt vesztette életét, mikor a magyar katonaság 1939 márciusában bevonult Kárpátaljára. 1941-től már egyre több hősi halottról és hadifogolyról jöttek szomorú hírek a Szovjetunióból. A Don-kanyarban súlyos veszteségeket szenvedő második magyar hadseregben is több gödöllői katona szolgált. Közülük többen a visszavonuláskor vesztették életüket, sokan pedig ott estek hadifogságba. Többek közt Kirchhofer József (1919-2009) is megjárta a hadifogságot, mindenki Csosza bácsija, aki premontrei öregdiák, testnevelő tanár, kiváló atlétaedző és Gödöllő díszpolgára is. 1944. áprilisában az angolszász légierő megkezdte Magyarország bombázását, főleg Budapest szenvedett el több súlyos légitámadást.
Gödöllőt, a főváros közelsége és fontos közlekedési útvonalai miatt júliustól többször bombázták, így a Premontrei Intézet, a vasútállomás, de más polgári épületek is kaptak találatokat. A kastélyban hadikórházat rendeztek be, a Premontrei Gimnáziumban pedig a Honvédség egy zászlóalját szállásolták be. Szeptembertől már a szovjet légierő is bombázott, de még 1945 februárjában is német bombatámadás érte a vasútállomást, mivel szovjet lőszerraktár volt a szomszédban. A front a települést december elején érte el. Szerencsére a harcok nem túl sokáig tartottak nálunk.
Mivel Gödöllő határában húzódott az Attila védelmi vonal, ezért a szovjet csapatok elég hevesen támadtak. 1944. december 9-13. között dúlt a harc Máriabesnyőn és Gödöllőn. Hivatalosan december 12-én vonultak be a szovjet katonák, de valójában csak másnap értek véget a harcok. A környéken azonban egészen december végéig tartott a küzdelem, amikor megkezdődött Budapest ostroma. December 12-ét 45 évig felszabadulásként ünnepelték Gödöllőn, ma már inkább a község elfoglalásaként említjük.
Természetesen azok a zsidók, baloldaliak és mások, akik a német megszállás alatt sokat szenvedtek, számukra ez mindenképpen felszabadulás volt. A német uralom alól mindenképp. Viszont akiket megerőszakoltak, kifosztottak a szovjet katonák – több ilyen esetről is tudunk Gödöllőn – azok az emberek ezt egy újabb megszállásnak tekintették. Egyébként maga a szovjet hadvezetés is Magyarország, illetve Budapest elfoglalásáért adott kitüntetéseket katonáiknak. Ma már szokták ironikusan felszabadúlásnak nevezni, direkt hosszú ú-val! A helyzetet talán legjobban Kovács Imre, parasztpárti politikus fogalmazta meg, aki a szovjetek által december végén még a Premontrei Gimnáziumban felállított hadifogolytáborban raboskodott egy ideig: „Azt álmodtam, hogy kimentek a németek és nem jött a helyükre senki!” Sajnos nem így lett, és 47 évig itt is maradtak „ideiglenesen”.
Gödöllő embervesztesége a második világháborúban 302 személy volt. A halottak közel harmada katona áldozat, a többiek civilek. Ez a létszám nagyjából megegyezik az első világháború hősi áldozataival. Rajtuk kívül Gödöllőn és a környékbeli harcokban 296 magyar, német, szovjet, román és amerikai katona halt meg, akiket Gödöllőn is temettek el.
Lencsés Barna