Gödöllőn 1769-től működött Római Katolikus Elemi Iskola, amelyet még gróf Grassalkovich I. Antal alapított egyosztályos elemi iskolaként. Kicsik és nagyok egy osztályban különböző szinten sajátították el a tananyagot, amely helyesírás, számtan, Magyarország földrajza, katekizmus és bibliaismeret tárgyakat tartalmazott. Az iskola a kastély felső parkjában, az üvegház mögött működött. 1816-ban a tanulói létszám 42 fiú és 30 lány volt. 1857-ben, az uradalmat ekkor birtokló báró Sina Simonnak köszönhetően még egy tantermet nyitottak, így elválasztva a kisebbeket a nagyoktól, azaz kétosztályos lett az iskola. Az oktatást a kántortanító és a segédtanító végezte. 1875-ben 180-200 tanulója volt az iskolának. Ezt az iskolaépületet 1878-ban lebontották, az iskola átmenetileg egy bérelt épületbe költözött, majd az uradalom még ebben az évben vásárolt egy telket az iskola építéséhez. 1879-ben felépült az új iskola, amely most a Szabadság tér 19. szám alatt található (az egykori Imre utcában).
Ez a jelenlegi a Szent Imre Római Katolikus Általános Iskola műemlék épülete. Korszerű, kényelmes épület volt, amely két tanteremmel és az iskola-felvigyázó számára egy lakrésszel (szoba, konyha, éléskamra) rendelkezett. 1895. szeptember 1-jén harmadik tanteremmel bővült az iskola, és egyúttal a tanítók száma is háromra nőtt. 1898-ban az iskola részére új épületet vásárolt az iskolaszék, a mai Szabadság tér és a Táncsics utca sarkán lévő házat, ahol újabb 2 tantermet rendeztek be. 1908-ban egy új tantermet nyitottak a Kossuth Lajos utca egyik épületében, így egyre sürgetőbb volt az igény, hogy egy közös épületbe vonják össze az iskolát. A Földművelődésügyi Minisztériumtól egy koronauradalmi telket sikerült a célra megvásárolni az Imre utcában, az ottani iskolaépület szomszédságában. Podhorányi József plébános, aki hét évig szolgált a településen (1905-1912), elévülhetetlen érdemeket szerzett az új iskolaépület megnyitásában. 1912-ben elkészült az új épület, amely jelenleg a Szent Imre Iskola épülete. Az emeletes épületben hat osztályt tudtak működtetni. Az épület elkészülte után, a Miasszonyunkról Nevezett Szegény Iskolanővéreket hívták ide tanítani.
Az School Sisters of Notre Dame-S.S.N.D. rendet 1833-ban alapították német területen. A kongregáció apostoli célkitűzése: iskolákban és az élet minden terültén oktatás és nevelés. Az iskolanővérek 1858-ban jöttek Magyarországra, és Temesvárott hozták létre a magyar tartomány központját. Szeptember 6-án három iskolanővér érkezett ide. 1912. szeptember 30-án indult meg a tanítás az új iskolában. 1933-ban a római katolikus egyházközségnek – a máriabesnyőit is beleszámítva – összesen 12 osztályos iskolája volt. Ebből 7 osztály világi vezetés alatt állt, 5 osztály pedig a Miasszonyunkról Nevezett Szegény Iskolanővérek irányítása alatt.
1948-ban, az államosításkor az iskolanővéreknek el kellett hagyniuk a gödöllői iskolát. A katolikus iskolák is betagozódtak az összevont nagy Állami Általános Iskolába. 1953-ban vált két iskolára az összevont általános iskola. A római katolikusok jogutódja az Imre úti Állami Leányiskola lett. 1970-től a helyhiány enyhítésére állandóan gyarapodott az Imre úti Általános Iskola egy-egy szükségépülettel. Ebben az évben vezették be az ének-zene tagozatot az iskolában. 1980-ban adták át az új, 12 tantermes, modern épületet, amely a Szabadság téren, a műemlék épület mellett található. 1981. május 26-án vette föl az iskola az Erkel Ferenc Általános Iskola nevet. A rendszerváltás után – először 1991-ben – vetődött fel egy katolikus általános iskola beindításának gondolata. Az iskola újraindítását hátráltató jogi- és szervezeti akadályok azonban csak 1993-ra hárultak el.
1993 februárjában született meg város képviselő-testületének döntése, amelynek értelmében a régi Imre utcai épület – amelyben akkor az Erkel Ferenc általános iskola működött – visszakerült az egyházközség tulajdonába. Mivel az azonnali teljes átadás gondot okozott volna az Erkel Ferenc Általános Iskola tanulóinak elhelyezésében, született egy megállapodás az önkormányzat és a két iskola között, amely tartalmazta az épület átadásának ütemtervét. Ennek értelmében 1996 júniusáig a két iskola közösen használta az épületet és az iskolaudvart. Az 1997/98-as tanévben az úgynevezett műemlék épületben két tantermet az Erkel Ferenc Általános Iskola használt. Szecsődi Péter plébános vezetésével megkezdődött az iskola szervezése. 1993. szeptember 1-jén 102 kisdiákkal (első és második évfolyammal), 9 pedagógussal a Szent Imre Katolikus Általános Iskola ismét megkezdte működését. A 2000. évben ballagtak el az első végzős diákok. Azóta nyolc évfolyammal működik az intézmény.
Idén immáron a jubileumi 30. tanévvel kezdődött a tanítás az újra megnyílt egyházi iskolában.
