Flór Ferenc 1809. október 10-én Váradolasziban született. Nagyváradon, majd Nagykárolyban végezte tanulmányait, és ezt követően, 1827-ben iratkozott be a pesti egyetem orvostudományi karára, ahol 1834-ben szerzett sebészi, és szülészmesteri oklevelet. Még ugyanebben az évben tanulmányi útra ment német, illetve osztrák egyetemekre, hogy megismerje, és elsajátítsa az újabb sebészetet és műtéttant. Hazaérkezése után először a pesti egyetem állatgyógyászati tanszékének tanársegéde lett, majd ezután az orvosi karon Stáhly Ignác sebészprofesszor mellett dolgozott tanársegédként. 1837-től a Rókus Kórház tiszteletbeli, majd 1840-től rendes osztályos főorvosává nevezték ki. 1847-től Pest tiszti főorvosa, és a Rókus Kórház igazgatója lett.
1848-ban jelentkezett a nemzetőrségbe, és ősztől a honvéd hadsereg orvosaként szolgált őrnagyi rangban. 1849. január 22-én a hadügyminisztérium egészségügyi osztályának főnökévé nevezték ki, (Stáhly Ignác utódaként), és ezzel ő lett a honvédség katonai egészségügyének irányítója. Vezetése alatt fejeződött be a magyar honvédség egészségügyi szervezetének kiépítése. A katonai egészségügyben számos, nemzetközileg is újnak számító módszert vezetett be. A magyar honvédségnél alkalmaztak például először kloroformot a hadisebészetben. Irányítása alatt szerveződött a tábori kórházak rendszere, a front- és hátországi betegellátás, az újoncozás orvosi ellenőrzése és a rokkantak utókezelése. A műszer és gyógyszerhiány enyhítésére – a külföldről való becsempészés mellett – kísérletet tett a magyarországi gyártás megszervezésére. 1849 áprilisában Flór Ferenc indítványára nevezték ki Kossuth Zsuzsannát országos főápolónőnek, ennek nyomán számos női önkéntes állt a katonai betegápolás szolgálatába. Flór Ferenc a fegyverletételig a tartalék hadtest főorvosa volt.
Életében szintén fontos szerepet töltött be a szakírói munkássága, több disszertációja is kiadásra került. Számos törekvést tett az egységes magyar orvosi szaknyelv megteremtésére. A fegyverletétel után kiadványainak fő témája a közegészségügyi és orvosi érdekvédelem volt. 1861-ben elnökségével indult el az első helyhatósági közegészségügyi bizottság, ezért Flór Ferencet a magyarországi közegészségügy egyik megteremtőjeként tartják számon.
A fegyverletétel után 1,5 év börtönre ítélték, és elvesztette az állását. A börtönbüntetés letöltése után tápiószelei birtokán élt rendőri felügyelet mellett. Halálát közlekedési baleset okozta, elütötte a pesti lóvasút.
