Az epifánia a görög epiphaneia szóból ered, amelynek jelentése „megjelenés”. Ez a szó az Ószövetségben és az Újszövetségben is több helyen olvasható, amikor isteni megjelenés vagy kinyilvánítás történik. Az ünnepi liturgiában használatos elnevezés eredete a görög Epiphania Domini, vagyis az Úr megjelenése, vagy Urunk megjelenése.
Az új év hatodik napján tartott ünnep összekapcsol három jelentő alkalmat Jézus Krisztus életéből: a napkeleti bölcsek eljövetelét, a Jordán folyóban való megkeresztelkedést és Jézus első csodáját, amikor a kánai mennyegzőn a vizet borrá változtatta.
A vízkereszthez fűződő evangéliumi történetben Jézus harminc éves lett, elment a Jordán folyóhoz, ahol Keresztelő Szent János megkeresztelte és ettől kezdve tanított Jézus. Megkereszteltetésének állított emléket a vizek megáldása, valamint a keresztség szentségétek osztása ezen a napon. A katolikus egyház tömjént és vizet szentelt, a templomban megszentelt vízből pedig a hívek igyekeztek hazavinni valamennyit, mert a szenteltvíznek gyógyító hatást tulajdonítottak.
A magyar vízkereszt a víz megszentelésének szertartásából származik. Keleten a háromból Jézus megkeresztelkedése, míg nyugaton a napkeleti bölcsek látogatása lett fontos az ünnep szempontjából. A római katolikus egyház a II. vatikáni zsinat óta ezt ünnepli vízkeresztkor.
Az ortodox hagyomány szerint a vízkeresztkor szentelt víz sokáig friss és tiszta marad, gyógyítóereje van. Nyolc napig minden reggel éhgyomorra kell inni a szenteltvízből, hogy a testi és lelki bajokra kifejtse gyógyító hatását. A vízszentelés mellett ilyenkor a házakat is megszentelték, ennek a szokásnak koleda, vagy koledálás a neve. A szenteltvízzel vízkereszt napján, január 6-án beszentelték az ólakat, az állatokat, megitatták őket, hogy ne legyenek az év folyamán betegek, rühesek. A család minden tagja kortyolt az üveg vízből, hogy egész évben megóvja őket a torokfájástól, majd magukra is locsoltak belőle rontás, betegségek, himlő ellen. Húsvét éjszakája mellett hagyományosan a vízkereszt volt a másik ünnep, amikor felnőtteket kereszteltek.
Egy másik ortodox hagyomány szerint a papok fából készült keresztet dobnak a vízbe, majd a hívők a vízbe ugranak érte. Magyarországon is egyre népszerűbb a téli balatoni fürdés, igaz, nem vízkeresztkor, hanem január elsején: a szigligeti Újévi Csobbanáson több százan futnak a jéghideg vízbe. Olaszországi hagyomány szerint Befana, az öreg jó boszorkány ezen a napon a jó gyerekeknek ajándékot hoz. Egyes országokban – Franciaországban, Spanyolországban, Portugáliában és a latin-amerikai országokban – süteményeket sütnek, amelyek közül egyben ajándékot rejtenek el. Az lesz a nap királya, aki az ajándékot megtalálja. Latin-Amerikában a gyerekek gyakran ezen a napon (Día de los Tres Magos) kapják az ajándékot karácsony helyett.A mai nappal zárulnak a karácsonyi ünnepek, majd megkezdődik a farsangi időszak. Az ünnephez kötődő sok hagyomány közül ma már csak az él, hogy ezen a napon kell leszedni a karácsonyfát az ünnep végeztével.